Dilahirkan di Cavite El Viejo (kini Kawit), provinsi Cavite, kepada Carlos Aguinaldo dan Trinidad Famy, Aguinaldo merupakan anak ketujuh dalam sebuah keluarga Mestizo-Cina yang terdiri daripada lapan adik-beradik. Ayahnya adalah gobernadorcillo (ketua bandar) dan sebagai kaum minoriti, mereka menikmati kehidupan yang agak kaya dan berkuasa.

Aguinaldo menerima pendidikan asasnya daripada nenek saudara dan kemudian menyertai sekolah rendah di tempal asalnya. Pada tahun 1880, beliau belajar di Colegio de San Juan de Letran, sebuah sekolah menengah, tetapi terpaksa menamatkan pendidikannya pada tahun ketiga ketika ayahnya meninggal dunia untuk membantu ibunya mengurus ladang.

Ketika berumur 17 tahun, Emilio dipilih sebagai cabeza de barangay untuk Binakayan, bario yang paling maju di Cavite El Viejo. Beliau memegang jawatan itu selama lapan tahun, sementara melibatkan diri dalam perkapalan antara pulau, dan membuat perjalanan sejauh selatan sehingga Kepulauan Sulu.

Pada tahun 1893, Undang-undang Maura diluluskan untuk menyusun semula kerajaan-kerajaan bandar dengan tujuan untuk menyebabkan kerajaan-kerajaan itu lebih berkesan dan bebas. Gelaran ketua bandar ditukar daripada gobernadorcillo kepada Kapitan Perbandaran pada tahun 1895. Pada 1 Januari 1895, Aguinaldo dipilih sebagai ketua bandar dan menjadi orang pertama untuk memegang jawatan Kapitan Perbandaran di Cavite El Viejo.

Aguinaldo berkahwin dengan Hilaria Del Rosario (1877-1921) pada tahun 1896 dan mereka dikurniakan dengan lima orang anak: Miguel, Carmen, Emilio Jr., Maria and Cristina. Selepas kematian isterinya, beliau berkahwin dengan Maria Agoncillo.